Am 10. April 1845 meldete Mendelssohn dem Verlag Breitkopf und Härtel ein Werk für Orgel, das „größer geworden als ich früher gedacht hatte“: sechs Sonaten, die als ein Werk erscheinen sollten. Robert Schumann rühmte im Oktober 1845 ihre „ächt poetischen neuen Formen“. Gerd Zacher, von dem die Texte des Begleithefts stammen, sieht in dem Zyklus einen seltenen Fall, in dem Musik den Orgelbau anregte: Die sogenannten romantischen Orgeln seien auch infolge der Vielschichtigkeit dieser Sonaten entstanden. Die Tonartenfolge f–c–A–B–D–d (Moll klein, Dur groß) hält bewusst nicht die Reihenfolge der Entstehung ein.
In der Orgelsonate in f-Moll Op. 65 Nr. 1 tritt an die Stelle des Wechselspiels von Haupt- und Nebenthema der Widerspruch zwischen Sonate und Choral; Mendelssohn notiert den damals schon 300 Jahre alten Choral auf einem eigenen System, wie aus einer anderen Welt. Die Orgelsonate in c-Moll Op. 65 Nr. 2 kommt ohne Choral aus, stellt zwei langsame Sätze an den Anfang, lässt einen Marsch im Dreivierteltakt folgen und schließt mit einer älteren Fuge, die sich zugleich in Sonatenform entwickelt. In der Orgelsonate in A-Dur Op. 65 Nr. 3 rahmt ein Entwurf des Hochzeitsmarsches, den Felix für seine Schwester Fanny geschrieben hatte, eine dramatische Fuge mit dem Choral „Aus tiefer Not schrei ich zu dir“ im Bass.
Die Orgelsonate in B-Dur Op. 65 Nr. 4 folgt dem viersätzigen Aufbau einer Klaviersonate, mit einem „Andante religioso“ und einer modulationsreichen Schlussfuge. Die Orgelsonate in D-Dur Op. 65 Nr. 5, die zuerst entstand, beginnt mit einem erfundenen Choral, den Zacher nach damaliger Praxis mit großen Atem- und Echopausen spielt, und endet mit einem Rondo. Der zuletzt entstandenen Orgelsonate in d-Moll Op. 65 Nr. 6 liegt Luthers „Vater unser im Himmelreich“ zugrunde; die Variationen folgen der Deklamation der ersten sechs Strophen, bis bei „Gib uns heut unser täglich Brot“ unerwartet die volle Orgel hereinbricht.
Johannes Brahms ließ die Fuge in as-Moll WoO 8 1864 in einer Musikzeitschrift veröffentlichen; mit ihren sieben Vorzeichen geht sie über Bachs „Wohltemperiertes Klavier“ hinaus, und ihr Thema nimmt, so Zacher, Arnold Schönbergs „Variationen über ein Rezitativ“ Op. 40 vorweg. Die Elf Choralvorspiele Op. 122, laut Erstausgabe „Componiert in Ischl im Mai 1896“, erschienen aus dem Nachlass; Zacher spielt sie in der Reihenfolge der Handschrift. Im zehnten mündet ein gleichmäßiger Puls in ein Adagio wie ein stehenbleibendes Herz, im elften verabschiedet sich jede Zeile mit doppeltem Echo.
E. F. Walcker aus Ludwigsburg baute die Orgel der Evangelischen Kirche Essen-Werden im Jahr 1900 mit 37 Registern auf drei Manualen und Pedal; sie steht unter Denkmalschutz, ihre Klangfarben sind, wie damals gefordert, verschmelzungsfähig. Gerd Zacher, 1929 in Meppen geboren, leitete ab 1970 die Abteilung Evangelische Kirchenmusik der Folkwang-Hochschule Essen und brachte Orgelwerke von John Cage, Mauricio Kagel, György Ligeti und Isang Yun zur Uraufführung. Die Aufnahmen entstanden vom 20. bis 24. Juni 2005.