Fast alle großen Orgelwerke, mit denen Max Reger das Bild eines monumental-symphonischen Orgelstils prägte, entstanden in seiner zweiten Weidener Zeit. Nach dem Studium bei Hugo Riemann in Wiesbaden und dem Militärdienst war er im Juni 1898 gesundheitlich angeschlagen in sein Elternhaus zurückgekehrt. Dort setzte er sich intensiv mit Literatur auseinander, mit Dantes „Göttlicher Komödie“ ebenso wie mit den lutherischen Chorälen; viele Orgelwerke dieser Jahre schrieb er, wie Martin Schmeding im Begleitheft ausführt, in kürzester Zeit nieder.
Die Fantasie und Fuge über B-A-C-H Op. 46 von 1900 ist Regers Huldigung an Johann Sebastian Bach, für ihn „Anfang und Ende aller Musik“. In der Fantasie ist die Tonfolge B-A-C-H stets präsent und Keimzelle sequenzartiger Steigerungen. Die Fuge beginnt ruhig und ausdrucksvoll, wechselt in einen freieren Teil über ein motorisches Achtelthema, in dem sich die strenge Fünfstimmigkeit auflöst, und führt mit dem B-A-C-H-Thema zum akkordischen Beginn der Fantasie zurück; die allmähliche Beschleunigung bezeichnete Reger hier erstmals mit Metronomzahlen. Josef Rheinberger, dem das Werk gewidmet ist, soll es für unspielbar gehalten haben.
Noch weiter ging Reger mit der Symphonischen Fantasie und Fuge Op. 57, die im April und Mai 1901 in nicht einmal zwei Wochen entstand. Dem Widmungsträger Gustav Beckmann nannte er Dantes „Inferno“ als Anregung, lehnte aber „Programme“ zu seinen Werken ab. Erstmals nennt er hier ein Orgelwerk „symphonisch“: Die Fantasie zerfällt in kurze Abschnitte wechselnder Stimmung mit abrupten Farbwechseln, die Fuge fügt burleskes Hauptthema, lyrisches Gegenthema, einen scherzoartigen Abschnitt und die Verbindung beider Themen zu einer „Symphonie im Kleinen“. Die Introduction und Passacaglia in d-Moll WoO IV/6 von 1899, heute eines seiner populärsten Orgelwerke, schrieb Reger dagegen ohne Honorar für ein Orgelalbum, das der Organist Ludwig Sauer zugunsten eines Orgelneubaus herausgab; die Passacaglia sollte jeder einigermaßen geübte Organist vom Blatt spielen können.
Nach der gemischten Aufnahme von Op. 57 suchte Reger, auch im Zuge seiner Übersiedlung nach München, eine klarere Schreibweise. Die Zweite Sonate in d-Moll Op. 60, am 17. Dezember 1901 vollendet und dem Kritiker Martin Krause gewidmet, setzt sich eng mit der klassischen Form auseinander. Hinter dem Titel Improvisation steht ein Sonatensatz, der die Verarbeitung seiner beiden Themen schon in die Exposition verlegt. Die Invocation führt von einer chromatischen, kantablen Solostimme über eine große Steigerung zum Choral „Vom Himmel hoch“; der Schlusssatz verbindet eine scherzoartige Introduction mit einer strengen Fuge. Uraufgeführt wurde die Sonate an Friedrich Ladegasts Orgel im Merseburger Dom.
Schmeding nahm die Werke vom 22. bis 25. März 2014 an der Wilhelm-Sauer-Orgel des St. Petri Doms in Bremen auf. Sauer errichtete sie 1894 mit drei Manualen und 63 Registern und erweiterte sie 1905 um ein viertes Manual auf 70 Register. Nach Umbauten bis 1939 und nach dem Zweiten Weltkrieg stellte Christian Scheffler bis 1996 die ursprüngliche Disposition wieder her, ergänzt um Erweiterungen im Sinne des Erbauers und einzelne Stimmen der späteren Umbauten. Mit diesem Band begann die Max Reger Edition, für die Schmeding bis 2016 historische Sauer- und Walcker-Orgeln in ganz Deutschland aufsuchte. Die Einspielung war für die International Classical Music Awards (ICMA) nominiert; die Zeitschrift Diapason vergab „5 Diapason“.