Präludium und Fuge in c-Moll BWV 546 ist ein Werk feierlicher Gravität. Die früheste Handschrift fertigte Johann Peter Kellner aus Gräfenroda zu einer Zeit an, als Bach den Hauptteil seiner Kantaten bereits komponiert haben dürfte, und die Musik steht dem Eingangschor der Kantate Nr. 47 „Wer sich selbst erhöhet“ von 1726 nahe. Das Präludium zeigt Bachs Beherrschung der italienischen Concerto-Form: Ritornelle und fugierte Episoden wechseln in sechsmal 24 Takten. Die fünfstimmige Fuge im Alla-breve-Stil bildet ein Gegengewicht, auch wenn manches dafür spricht, dass sie später, vielleicht von einem Schüler, hinzugefügt wurde.
Die Choralpartita Sei gegrüßet, Jesu gütig BWV 768 erklingt in ihrer endgültigen Form, die Matthias Schneider im Begleitheft als abschließende Äußerung Bachs in dieser Gattung beschreibt. Anders als die frühen Partiten, die noch unter dem Einfluss seiner norddeutschen Lehrmeister stehen, ist sie symmetrisch angelegt: Ein schlichter vierstimmiger und ein harmonisch weit ausgreifender fünfstimmiger Choralsatz rahmen den Zyklus, weitere Variationen entsprechen einander paarweise in Figuration und Taktart. Die ersten sechs Variationen sind manualiter, die übrigen pedaliter auszuführen. Bach arbeitete von der Weimarer bis in die Leipziger Zeit mindestens dreimal an dem Werk.
Die Choralbearbeitung Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 663 und die Choralbearbeitung Nun komm, der Heiden Heiland BWV 659 gehören zu den Leipziger Chorälen, einer in Weimar begonnenen und in Leipzig überarbeiteten Sammlung. In BWV 663 liegt der Cantus firmus im Tenor, in dichtem Kontrapunkt und so reich verziert, wie man es in dieser Lage sonst vor allem aus französischer Musik kennt; in BWV 659 liegt er im Sopran, und die ruhig ausschwingende Kolorierung regte Ferruccio Busoni zu einer Klavierfassung an. Zwischen beiden steht Präludium und Fuge in C-Dur BWV 547: Die Fuge beginnt manualiter, und erst nach mehreren Durchführungen setzt der Pedalbass mit dem Thema in Vergrößerung ein.
Die Passacaglia in c-Moll BWV 582 setzt sich mit den Ostinato-Kompositionen Dietrich Buxtehudes auseinander, mit denen sie im Andreas-Bach-Buch überliefert ist; auch ein Christe des Pariser Organisten André Raison, dessen Thema mit der ersten Hälfte von Bachs Thema übereinstimmt, dürfte Anregung gegeben haben. In der abschließenden Fuge wird Raisons Thema zum Fugenthema und Bachs Fortspinnung zum durchgehenden Kontrapunkt. Gisbert Schneider spielt sie nicht als großes Crescendo in der Nachfolge Franz Liszts, sondern als Plenumstück, dessen Dynamik aus der wechselnden Stimmenzahl und dem Wechsel zwischen den Werken der Orgel entsteht.
Gottfried Silbermann baute die Orgel des Freiberger Doms von 1711 bis 1714 mit 44 Registern auf drei Manualen und Pedal nach einem Entwurf des jungen Domorganisten Elias Lindner. Jehmlich Orgelbau Dresden restaurierte sie 1981 bis 1983 und näherte die Winddrücke den Werten von 1711 an; gestimmt ist sie im Chorton, ungleichschwebend. Gisbert Schneider, Professor für künstlerisches Orgelspiel und Improvisation an der Folkwang-Hochschule Essen, nahm die Werke am 12. und 13. Oktober 2001 auf.