Le Prélude et fugue en ut mineur BWV 546 est une œuvre d’une gravité solennelle. La plus ancienne copie manuscrite est due à Johann Peter Kellner de Gräfenroda, à une époque où Bach avait sans doute déjà composé l’essentiel de ses cantates, et la musique est proche du chœur d’entrée de la cantate no 47 « Wer sich selbst erhöhet » de 1726. Le Prélude montre la maîtrise de la forme du concerto italien : ritournelles et épisodes fugués alternent en six fois 24 mesures. La Fugue à cinq voix, dans le style alla breve, lui fait contrepoids, même si certains indices laissent penser qu’elle a été ajoutée plus tard, peut-être par un élève.
La Partita de choral Sei gegrüßet, Jesu gütig BWV 768 est jouée dans sa forme définitive, que Matthias Schneider décrit dans le livret comme le dernier mot de Bach dans ce genre. Contrairement aux premières partitas, encore marquées par ses maîtres d’Allemagne du Nord, elle est construite de manière symétrique : un choral simple à quatre voix et un choral à cinq voix aux harmonies audacieuses encadrent le cycle, et d’autres variations se répondent deux à deux par leurs figures et leur mesure. Les six premières variations se jouent manualiter, les suivantes pedaliter. Bach a travaillé à l’œuvre au moins trois fois, de Weimar jusqu’à Leipzig.
L’Arrangement de choral Allein Gott in der Höh sei Ehr BWV 663 et l’Arrangement de choral Nun komm, der Heiden Heiland BWV 659 font partie des chorals de Leipzig, un recueil commencé à Weimar et révisé à Leipzig. Dans le BWV 663, le cantus firmus est au ténor, dans un contrepoint dense et avec une ornementation aussi riche qu’on ne la trouve, dans ce registre, guère que dans la musique française ; dans le BWV 659, il est au soprano, et sa coloration calme et ample a inspiré à Ferruccio Busoni une version pour piano. Entre les deux se place le Prélude et fugue en ut majeur BWV 547 : la Fugue commence manualiter, et ce n’est qu’après plusieurs expositions que la basse de pédale entre avec le thème en augmentation.
La Passacaglia en ut mineur BWV 582 se confronte aux compositions sur ostinato de Dietrich Buxtehude, aux côtés desquelles elle a été transmise dans l’Andreas-Bach-Buch ; un Christe de l’organiste parisien André Raison, dont le thème est identique à la première moitié de celui de Bach, a sans doute aussi servi de modèle. Dans la fugue finale, le thème de Raison devient sujet de fugue et le prolongement de Bach le contre-sujet constant. Gisbert Schneider ne la joue pas comme un grand crescendo dans la lignée de Franz Liszt, mais comme une pièce de plein-jeu dont la dynamique naît du nombre changeant des voix et de l’alternance entre les plans sonores de l’orgue.
Gottfried Silbermann a construit l’orgue de la cathédrale de Freiberg de 1711 à 1714, avec 44 jeux sur trois claviers et pédalier, d’après un projet du jeune organiste de la cathédrale Elias Lindner. Jehmlich Orgelbau Dresden l’a restauré de 1981 à 1983 en rapprochant les pressions de vent des valeurs de 1711 ; il est accordé au ton de chœur, dans un tempérament inégal. Gisbert Schneider, professeur d’orgue et d’improvisation à la Folkwang-Hochschule d’Essen, a enregistré ces œuvres les 12 et 13 octobre 2001.