Die Ablehnung eines außermusikalischen Programms, der Verzicht auf aufgesetzte Effekte und die Berufung auf Johann Sebastian Bach gehören zu den Grundkonstanten in Max Regers Werk. Sein Lehrer Hugo Riemann lobte das neue Opus knapp, es werde „einigen Leuten Kopfschmerzen machen, ist aber gut“; Reger selbst legte seine Prinzipien ausführlicher dar: „Unerbittliche Logik des Satzes, die Solidität der Stimmführung“, das Vermeiden aller sentimentalen Momente und, statt eines Spiels mit Klangeffekten, „ein zielbewußtes wirkliches Komponieren für Orgel“. Zwischen den Choralphantasien mit ihrer quasi-programmatischen Textgrundlage und der Phantasie und Fuge in c-Moll Op. 29 machte er dabei keinen Unterschied: Musik war für ihn immer absolut und aus ihren eigenen Gesetzmäßigkeiten heraus verständlich. Karl Straube wies im April 1900 als einer der Ersten auf die innere Verwandtschaft zu Bachs Fantasie und Fuge in g-Moll BWV 542 hin, die Reger 1896 für Klavier zu vier Händen bearbeitet hatte: derselbe Gestus in den expressiven 32tel-Läufen, streng polyphone ruhigere Einschübe als Kontrapunkt zu den eruptiven Hauptteilen, die abwärts wandernde Pedaltonleiter gegen chromatische Rückungen. Das im Herbst 1898 vollendete Werk ist Richard Strauss gewidmet, der Reger stets gefördert und ihm den Kontakt zu den Verlegern Aibl und Forberg verschafft hatte; um nicht mit ihm in Konkurrenz zu treten, wählte Reger ein Feld fern von dessen eigenem Komponieren.
Die vier Stücke, mit denen das dritte Heft der Monologe („Zwölf Stücke“) für Orgel Op. 63 die Sammlung beschließt — Toccata, Fuge, Canon und Scherzo —, schrieb Reger 1902, kurz vor den Variationen Op. 73. Es war eine für ihn besondere Zeit: Nach langem Werben hatte er Elsa von Bagenski von einer Heirat überzeugen können; dass der Katholik eine geschiedene Protestantin heiratete, zog seine Exkommunikation nach sich. Ein Jahr später, im Spätsommer 1903, entstand während eines Urlaubs in Berchtesgaden das Werk, das Martin Schmeding im Begleitheft einen Gipfelpunkt in Regers Orgelschaffen nennt.
Als Karl Straube ihm berichtete, er wolle die Variationen und Fuge über ein Originalthema in fis-Moll für Orgel Op. 73 in einem Konzert der Thomaskirche zu Beginn und am Ende spielen, damit die Zuhörer sie besser verstünden, reagierte Reger fast entsetzt: „Glaub mir, wenn Du op. 73 2mal spielst, das gibt ein tolles Wutgeschrei und die Leute laufen alle davon!“ Straube setzte den Plan dennoch um, und er traf den Kern der Sache: Das Werk gehört zu Regers großartigsten Kompositionen, erschließt sich aber selbst geübten Konzertbesuchern beim ersten Hören nur selten. Mit ihm eröffnete Reger die Reihe seiner großen Variationszyklen, die sich in den Bach- (op. 81), Beethoven- (op. 86), Hiller- (op. 100), Mozart- (op. 132) und Telemann-Variationen (op. 134) fortsetzen sollte. Gewidmet ist es Straube in Erinnerung an dessen Konzert im Basler Münster am 14. Juni 1903; er hatte sich ein Stück ohne protestantischen Choralbezug gewünscht, um es auch in vorwiegend katholischen Städten aufführen zu können. Nach einem möglichen Inhalt gefragt, antwortete Reger: „Das Werk selbst ist aus einer recht wehmütigen Stimmung heraus geboren, das Thema in seiner Resignation gibt alles an; eine große Rolle spielt im Werk der melancholische dritte Takt aus dem Thema selbst.“ Dessen Intervallfolge Sekunde–Terz wird zum konstituierenden Element des ganzen Werks.
Schon die Introduzione nimmt ein Grundprinzip der Variationen vorweg: Ihre drei Motive — fallender Tritonus, 32tel-Bewegung, Seufzermotiv — werden in immer neuen Wellen abgespalten, umgekehrt und verarbeitet, ergänzt um das vorweggenommene Motiv des dritten Thementakts; immer wieder kehrt Reger zum rezitativischen Eingangsmotiv zurück, bevor sich die Motive zu motorischen, klanglichen und harmonischen Steigerungen ballen. Die dreizehn Variationen verbinden verschiedene Techniken: Die ersten drei behalten Grundstruktur und Länge des Themas bei, lösen die Melodik aber immer stärker in figurative Elemente bis hin zur Einstimmigkeit auf; Variation 4 ordnet die Motive neu und erweitert sie, Variation 5 führt das Thema in fast barocker Technik zeilenweise zunächst im Bass, dann teils figuriert im Sopran durch. Die sechste Variation, vom ausgesparten Sekund-Terz-Motiv bestimmt, erfährt nach grüblerischem Beginn einen extremen Ausbruch; die folgenden drei fordern schnellste Manualwechsel, Akkordketten und rasante Läufe, das Thema erscheint dabei nur noch am Rande, in Variation 8 als Sechzehntelfolge im Pedal. Variation 11 steht in G-Dur, einer quasi-neapolitanischen Tonart, und erzeugt eine seltsam schwebende Stimmung; Variation 12 kehrt formal zur Struktur des Themas zurück, knüpft motorisch aber an die Akkordballungen der vorangegangenen Variationen an. Die Fuge, die in ihrer Länge der Einleitung entspricht, hat wiederum ein dreigliedriges Thema. Nach einer Durchführung bis zur Vierstimmigkeit tritt ein zentraler Kontrapunkt hinzu, in dessen Spitzentönen erneut das Sekund-Terz-Motiv steckt; im Mittelteil wird das Thema in seine Einzelteile aufgespalten, bevor der Schlussteil eine Steigerung ins Organo pleno bringt.
Für Max Reger war Johann Sebastian Bach „Anfang und Ende“ aller Musik, und so war ihm dessen Wirkungsstätte von besonderer Bedeutung. In der Thomaskirche Leipzig amtierte ab 1903 auch sein langjähriger Freund Karl Straube, an der Sauer-Orgel von 1889; 1908 ließ er sie von 63 auf 88 Register erweitern. Christian Scheffler (Sieversdorf) renovierte das Instrument 1993 und 2005. Martin Schmeding, der im Begleitheft den für Regers Orgelmusik idealen und umfangreichen Registerfundus hervorhebt, nahm die drei Werke dort vom 17. bis 20. Juli 2016 auf. Die Einspielung war für die International Classical Music Awards (ICMA) nominiert.