Der Zyklus Échelons ist über sechs Jahre gewachsen: Der zuerst komponierte Satz Sonorités (1962/64) eröffnet ihn, der zwei Jahre später als Tombeau für den Maler und Dichter Lothar Schreyer, einen Meister des Weimarer Bauhauses, konzipierte Satz Sons brisés (1966/67) beschließt ihn, und der mittlere Satz Arrêtages (1968) wurde als letzter eingefügt — er fasst die beiden anderen zu einem größeren Ganzen zusammen und ist deshalb nicht einzeln spielbar. Uraufgeführt wurde der ganze Zyklus am 16. März 1968 in der Lutherkirche in Hamburg.
Gerd Zacher, der die Werke im Begleitheft kommentiert, hört darin eine weiterentwickelnde Tradition. In Sonorités — zu deutsch Klangfarben — nimmt Allende-Blin die Dreimanualigkeit der barocken norddeutschen Choralfantasien auf, wie sie bei Buxtehude, Tunder und Reinken auf Hauptwerk, Rückpositiv und Brustwerk zu finden ist und bei César Franck eine späte Fortsetzung fand; auffällig ist das mehrstimmige Pedalspiel mit seinen Interferenzen, die in der Aufnahme als Pulsation hörbar werden. Der zweite Satz bringt eine weitere vergessene Tradition zur Geltung: die Pause als vollwertigen Bestandteil der Musik. Mitten im langsamen Satz steht eine wohlvorbereitete Pause von 24 Sekunden — der Komponist meint, sie sei am angemessensten in einer Kirche zu erleben; ein früheres Werk von ihm hieß bezeichnenderweise Silences interrompus, und dazu formulierte er: Die Klänge sind das Ufer der Stille.
Im dritten Satz wird über eine Viertelstunde hinweg auf fallendem Wind gespielt: Anders als bei Ligetis Volumina oder Kagels Improvisation ajoutée, wo der Wind am Ende ausläuft, ist er hier als zweites Thema exponiert und bestimmt den weiteren Verlauf. Oft ist es, als läge die ganze Orgel in ihren letzten Atemzügen; am Schluss sind fast nur noch die Klappergeräusche der Anschläge zu hören, die über dem auslaufenden Wind stärker werden als der Klang selbst. Auch Mein blaues Klavier — der Titel stammt aus dem Gedicht Else Lasker-Schülers, in dem es heißt: „zerbrochen ist die Klaviatür“ — wird fast ständig mit reduziertem Wind gespeist. Bei herabgesetztem Winddruck kehrt sich das gewohnte Verhältnis um: Je mehr Tasten und Register hinzukommen, desto leiser und tiefer wird der Klang.
In der zweiten Hälfte dieses Stücks tritt ein Leierkasten hinzu, auf dessen Walze ein beliebiges Stück ausgewählt wurde; er spielt es nur stoßweise, denn sobald die Melodie erkennbar zu werden droht, wird der Schwengel angehalten. Zuletzt kommt die Maultrommel, gleichsam als drittes Blasinstrument die verkleinerte Summe der beiden anderen: Sie wird schnell und auf gleichbleibender Tonhöhe gespielt, sodass Aus- und Einatmen hörbar werden — lebendiger menschlicher Atem, mit dem das Stück verklingt und plötzlich abbricht. Transformations II von 1952 ist Allende-Blins erstes Orgelstück; den Titel wählte er, weil ihm nach der Analyse von Weberns Variationen op. 27 die Bezeichnung „Variationen“ nicht mehr zutreffend schien. Es enthält nur 144 Anschläge, angeordnet in zwölf Zwölftonreihen über drei Manuale und Pedal, und betritt über die Differenz zwischen der naturreinen Quinte und der gleichschwebenden Temperatur erstmals das Reich der Mikrotonalität.
Coral de Caracola von 1985 ist dem Andenken von Allende-Blins Onkel und Kompositionslehrer Pedro H. Allende-Saron gewidmet, der in jenem Jahr hundert Jahre alt geworden wäre und über dessen Werk sich selbst Debussy enthusiastisch geäußert hatte. Der Komponist schreibt: Es ist der Choral einer großen Meermuschel; hält man sie ans Ohr, hört man die Geräusche, die sie am Meer gesammelt hat — diese verborgene Musik möchte er hörbar machen. Ungewöhnlich große Zeiträume kennzeichnen das Stück, auch in den Pausen, denen blitzschnelle Passagen gegenüberstehen. Aufgenommen wurde vom 15. bis 17. März 2004 in der Evangelischen Kirche Essen-Rellinghausen; Juan Allende-Blin spielt selbst die Drehorgel. Die Hybrid-SACD spielt 61:34 in Stereo und 5.1 Surround.