Middelschulte est né le 3 avril 1863 à Werve, aujourd’hui Kamen-Heeren, et a grandi dans la ferme de ses parents. Après une formation d’instituteur, il a étudié à partir de 1886 au Königliches Akademisches Institut für Kirchenmusik de Berlin, notamment auprès de Karl August Haupt et d’Albert Löschhorn, élèves d’August Wilhelm Bach, qui avait lui-même enseigné à Felix Mendelssohn Bartholdy ; comme l’explique Friedhelm Onkelbach dans le livret, Middelschulte s’inscrit ainsi dans la tradition berlinoise du culte de Bach. En 1891, il est parti pour Chicago, y a étudié auprès de Bernhard Ziehn, est devenu organiste du Thomas Orchestra, futur Chicago Symphony Orchestra, et a enseigné dans plusieurs conservatoires. Revenu en Allemagne en 1942, il est mort le 4 mai 1943 à Dortmund-Oespel.
On ne connaît de Middelschulte aucune composition libre : ses œuvres reposent sur des thèmes de Bach ou citent B-A-C-H. Ferruccio Busoni l’a placé dans la lignée de Bach, Reger et Franck, a attiré l’attention sur lui et sur Ziehn en 1910 dans l’article « Die Gotiker von Chicago, Illinois » et lui a dédié la première version de la Fantasia contrappuntistica. À la demande de Busoni, Middelschulte l’a arrangée pour orgue et a tenu en 1911, à la Reinoldikirche de Dortmund, la partie soliste lors de la création d’une version orchestrée par Friedrich Stock.
La Passacaille en ré mineur, son œuvre la plus connue, a été composée en 1897, créée à Chicago en 1899 et publiée en 1901 chez C. F. W. Siegel à Leipzig : c’était sa première œuvre imprimée. Sur une basse de quatre mesures, descendant et remontant chromatiquement à trois temps, Middelschulte déploie 62 variations : dès la deuxième mesure, les accords atteignent le total chromatique, B-A-C-H apparaît dans les quatre mesures suivantes, et à partir de la 42e variation le choral « Ein feste Burg ist unser Gott » domine le dernier tiers. Trois blocs d’accords et un triple B-A-C-H concluent l’œuvre.
Le Concerto sur un thème de Johann Sebastian Bach, publié en 1906 chez Kahnt à Leipzig, est un concerto pour orgue seul ; son thème est celui de la fugue du Prélude et fugue en mi mineur BWV 548. Un Prélude en forme de double fugue est suivi d’un Scherzo en canon à l’octave, d’un Adagio en forme de passacaille, d’un Intermezzo, solo de pédale virtuose, et d’un Finale, de nouveau une passacaille avec 39 énoncés du thème. La Fantaisie canonique sur BACH et fugue sur 4 thèmes de J. S. Bach commence par 42 canons en groupes de quatre mesures ; l’introduction présente ensuite les quatre thèmes : le B-A-C-H de la fugue inachevée de « L’Art de la fugue », le sujet de fugue de la Toccata en ré mineur BWV 565, le « Confiteor » de la Messe en si mineur et le thème de Frédéric le Grand de « L’Offrande musicale ». À la fin de la fugue, les quatre se rejoignent dans leur forme originale.
Gisbert Schneider, professeur d’orgue et d’improvisation à la Folkwang-Hochschule d’Essen, a enregistré les trois œuvres du 10 au 12 novembre 1997 sur l’orgue Alexander Schuke de la cathédrale d’Erfurt, un instrument de 1992 comprenant Rückpositiv, Hauptwerk, Schwellwerk et pédale.