Le 10 avril 1845, Mendelssohn a annoncé aux éditions Breitkopf und Härtel une œuvre pour orgue « devenue plus grande que je ne l’avais pensé » : six sonates qui devaient paraître comme une seule œuvre. En octobre 1845, Robert Schumann a salué leurs « formes nouvelles authentiquement poétiques ». Gerd Zacher, auteur des textes du livret, voit dans ce cycle un cas rare où la musique a stimulé la facture d’orgue : les orgues dites romantiques seraient nées en partie de la richesse de ces sonates. L’ordre des tonalités, qui mène d’une sonate en fa mineur à une sonate en ré mineur, s’écarte délibérément de l’ordre de composition.
Dans la Sonate pour orgue en fa mineur op. 65 no 1, l’opposition entre sonate et choral remplace le jeu entre premier et second thème ; Mendelssohn note le choral, déjà vieux de 300 ans à l’époque, sur une portée séparée, comme venu d’un autre monde. La Sonate pour orgue en ut mineur op. 65 no 2 se passe de choral, place deux mouvements lents en tête, enchaîne une marche à trois temps et s’achève sur une fugue plus ancienne qui se développe en même temps en forme sonate. Dans la Sonate pour orgue en la majeur op. 65 no 3, une esquisse de la marche nuptiale que Felix avait écrite pour sa sœur Fanny encadre une fugue dramatique avec le choral « Aus tiefer Not schrei ich zu dir » à la basse.
La Sonate pour orgue en si bémol majeur op. 65 no 4 suit le plan en quatre mouvements d’une sonate pour piano, avec un « Andante religioso » et une fugue finale riche en modulations. La Sonate pour orgue en ré majeur op. 65 no 5, composée la première, s’ouvre sur un choral inventé, que Zacher joue selon la pratique de l’époque avec de longues pauses de respiration et d’écho, et se termine par un rondo. La dernière composée, la Sonate pour orgue en ré mineur op. 65 no 6, repose sur le « Vater unser im Himmelreich » de Luther ; les variations suivent la déclamation des six premières strophes jusqu’à ce que, sur « Gib uns heut unser täglich Brot », le grand orgue fasse irruption.
Johannes Brahms a fait publier la Fugue en la bémol mineur WoO 8 dans une revue musicale en 1864 ; avec ses sept bémols, elle va au-delà du « Clavier bien tempéré » de Bach, et son thème, selon Zacher, annonce les « Variations sur un récitatif » op. 40 d’Arnold Schönberg. Les Onze préludes de choral op. 122, « composés à Ischl en mai 1896 » selon la première édition, ont paru à titre posthume ; Zacher les joue dans l’ordre du manuscrit. Dans le dixième, une pulsation régulière débouche sur un Adagio comme un cœur qui s’arrête, dans le onzième chaque ligne prend congé par un double écho.
E. F. Walcker, de Ludwigsburg, a construit en 1900 l’orgue de l’Evangelische Kirche d’Essen-Werden, avec 37 jeux sur trois claviers et pédalier ; classé monument historique, il possède des timbres qui se fondent, comme on l’exigeait alors. Gerd Zacher, né en 1929 à Meppen, a dirigé à partir de 1970 le département de musique d’église protestante de la Folkwang-Hochschule d’Essen et a créé des œuvres pour orgue de John Cage, Mauricio Kagel, György Ligeti et Isang Yun. L’enregistrement a eu lieu du 20 au 24 juin 2005.